这两个人只是想逗弄一下那个小东西，却遭到了杀身之祸。直到他们死也不知道得罪了什么生物，当他们的同伴发现他们时，他们已经面目全非了。
科学家们通过对考古现场的对比，发现很多壁画都指向一个可能的人类起源之谜，也许在另一个星球上可以找到答案。土豪集团斥巨资启动了这次探险项目，让普罗米修斯飞船重新出山。
科学家们带着这个信念，随同土豪的机器人儿子大卫和女儿飞向了遥远的星系，即将到达目标星球。在那里，他们将沉睡两年。大为将沉睡两年的众人唤醒。
在一片看似有人居住的地方，大卫带领着由六人组成的小分队走进了一个巨大的建筑物的空腔内。他们放出探ce狗来描绘内部结构，但奇怪的是，这里的空气有毒，但这里可以自己呼吸。大卫径直走向刻有奇怪文字的石壁，在上面划拉几下。一幅动态三维电子影像图突然显现，众人立刻追着画面中的人影而去。
在影像消失的地方，他们看到了一个跌倒的人影的实体，是一个被石门切断头的巨人。两个胆小的队友受不了这刺激，先行离开。而大卫自作主张打开了石门。首先映入眼帘的是一个超大的人头，和围绕它摆放着的无数个石墩子。
众人正要在各自领域，仔细研究这些新奇的东西，却收到了来自飞船的通知。一场特大风暴即将来袭，女博士打包了巨人的头颅。大卫偷偷带走了一个石墩子，差点因此命丧飞船舱门口。查理，头掉了。
好了，等他们终于安全回到飞船内，却发现先行离开的两人并没有回来。而在洞中迷了路的两人，兜兜转转还是走进了石门内，不知哪里来的勇气。生物学家竟然逗弄起突然探出的水蛇，结果地质学家被他的体液溅了一脸，腐蚀而亡，他自己也被水蛇穿肠而过。
再说回到飞船的人，大卫偷偷打开了石墩子，将藏在里面的黑色物质，悄无声息地放入了肖博士男友查理的酒杯中。而科学家们从巨人头颅中提取到与人类相同的DNA，更加确定了这次探险的正确性。
于是风暴过去后，他们再次走进那个洞内，单独行动的大卫发现了新大卫，影像中的地球，最后落在一个睡眠舱中，竟然还有心跳声。另一边，其他几人没多久就碰到了欲望的两个队友，就在此时，查理的身体也出现了异常。他们只能紧急撤离。土豪的女儿不想因小失大，便让查理消失在船舱外。
而肖博士被大卫告知的消息惊呆了，看胎儿状况，已经有三个月了。三个月，不可能！昨天晚上她还和查理共度良宵。肖博士瞬间明白了问题所在，要求大卫帮她拿掉，但大卫一针药剂下去，将她弄得动弹不得。她抓住机会，绝地反击。当即跑到自动手术舱，从腹部取出了一个可怕的生物。哦，天哪！天哪！
做完这些后，她迅速逃离了是非之地，却不小心闯进了一个病房，发现了一个秘密。
原来，土豪投资这些项目，只是为了获取长生不老的秘诀。大卫在洞里发现的生命迹象证明，人类确实可以活得更久。尽管他的女儿极力劝说，土豪仍然不肯改变主意。土豪主动屏蔽了其中的危险，继续寻找他想要的答案。肖博士也坚持自己的信仰。
她想研究人类的起源，但又不想让这些可怕的生物给人类带来灾难。因此，在与它们同行之前，她与船长达成了共识，必要时牺牲小我，成全大我。果然，事情向不可控的方向发展，巨型建筑下面隐藏的洞竟然是一艘飞船。大卫带着他们进入了发现生命迹象的地方，按照影像中的指示进行操作，并说出了一段耐人寻味的话。他们要去哪里？地球，创世的前夕往往是毁灭。土豪没有让他废话太久，要求按照自己的指示打开石棺，不久之后，牛角飞船破土而出。
黑人船长和其他人驾驶着飞船，与对方进行了玉石俱焚的战斗。逃过此劫的肖博士本以为进入救生舱就安全了，没想到这里已经被巨人攻破。肖博士急中生智，放出了从自己体内取出的异形生物，趁着两者厮杀的时候，正当她为何去何从发愁时，传来了机器人-大卫的声音，需要肖博士带着他作为交换条件，他可以启动其他飞船，帮助她离开这个星球。于是他们稍作整顿，一起踏上了新的征程。
