皮肤内源性结构和功能异常
在人类研究证明由于异常的脂质代谢和异常的神经酰胺酶活性，导致δ6-去饱和酶活性与花生四烯酸和双高γ亚麻油酸水平下降。这些变化损害皮肤屏障，面对刺激物、微生物和抗原产生的炎症反应加剧。25%的人类AD存在角质形成细胞的中间丝相关蛋白突变，导致功能缺失，尤其是那些严重的，发病初期即出现高浓度IgE的患者。中间丝相关蛋白是由末期角质形成细胞分化的，并形成表皮屏障的重要蛋白结构。也有研究发现AD犬的皮肤的表皮脂质屏障异常。与健康犬比，AD犬的角质层脂质薄层更薄，出现了更多的断裂。异常的δ6 和δ5去饱和酶活性，食物脂质的吸收和亚油酸浓度的减少均有报道。最近发现AD犬与健康犬比，δ6 和δ5去饱和酶活性下降和较低水平的n-6EFA。然而其他研究却发现AD犬和正常犬的皮肤、皮下脂肪和血液中提取的脂肪酸浓度没有区别。在补充n-3EFAs后，皮内的脂肪酸和类花生酸浓度不变，也没有发生相关的临床反应。因此，这些异常是原发的病原因素还是AD发病导致的继发现象尚无定论。
犬异位性皮炎的免疫学机制在过敏的免疫发病机制中，Th1/Th2失衡学说加深了对AD发病的免疫机制的认识。T淋巴细胞辅助细胞(Th)按其功能和分泌的细胞因子的不同至少分为两群:Th1和Th2。Th1细胞主要分泌IL-2、IFN-γ，诱发巨噬细胞活化和迟发超敏反应，也可诱发B细胞产生IgA、IgG、IgM，但不产生IgE，这是Th1具有抗微生物感染性能的基础；Th2细胞主要分泌IL-4、IL-5和IL-13，诱发肥大细胞和嗜酸性粒细胞增殖、分化和包括IgE在内的免疫球蛋白的生成，这也是Th2与异位性疾病有关的基础。其中IFN-γ、IL-4分别是Th1和Th2细胞的特异性细胞因子。Th1、Th2细胞因子可促进本亚群和抑制另一亚群的生长分化。单纯靠Th1/Th2失衡理论很难全面解释过敏免疫调节失常的全过程。Th1/Th2偏移可能只是一种“表面”的现象，其深层的原因是机体对变应原的“免疫耐受”机制异常和(或)缺陷。调节性T细胞（T regulatory cell，Treg细胞) 是T淋巴细胞的独特亚群，不同于Th1和Th2细胞，是一种拥有多种免疫抑制功能的细胞，包括下调IgE参与的过敏性炎症。Treg细胞数目异常或功能缺陷可能是异位性疾病的发病原因。
继发感染犬异位性皮炎引起的瘙痒性自我损伤导致进一步的皮肤屏障缺陷会造成更多的抗原经皮渗入和葡萄球菌和马拉色菌建群和感染，因而导致更多的炎症。犬和人的异位性皮炎一样都经常会并发皮肤的继发感染，细菌主要是葡萄球菌，酵母菌主要是马拉色菌。由于在异位性皮肤的微生物定植作用，犬异位性皮炎的慢性病灶经常会发生继发的微生物感染，例如：马拉色菌性皮炎或葡萄球菌性脓皮病。微生物更容易定植在异位性犬的发病部位，而不是其他未发病的部位。自舔可将微生物散播到皮肤，同时造成的表皮剥落、温度湿度提高、免疫反应改变或表皮脂质变化，都是让微生物定植的有力因素。人异位性皮炎还涉及更多的条件，比如β防御素和其他抗菌肽的下调。最近在犬的角质细胞上也发现了β防御素，并且怀疑与异位性皮炎的发病有关。葡萄球菌感染在犬的表现非常多样，主要为炎症、轻到重度瘙痒（即使没有异位性皮炎的参与）。当异位性皮炎也同时出现时，附加的瘙痒刺激会加重患犬的痛苦。许多临床兽医认为只要能够控制继发的细菌性脓皮病，AD犬就能保持相对正常的皮肤状态。在继发感染与AD并发时，应该谨慎使用强力的免疫抑制剂（例如糖皮质激素），避免细菌的抗药性出现。葡萄球菌感染与AD的关系主要体现在：（1）葡萄球菌对异位性皮肤能够高度粘附和定植；（2）细菌成份可以做为抗原制造超敏反应；（3）葡萄球菌外毒素做为超抗原提高皮肤的炎性反应；（4）葡萄球菌感染可以改变细胞介导的免疫反应。
凝固酶阳性葡萄球菌是人和犬AD经常和容易被分离到的细菌。90%的人异位性皮炎患者可分离出金黄色葡萄球菌，而只有5%的正常人可分离出此类细菌。多数犬AD分离的是中间葡萄球菌，它也能在健康犬皮肤、毛发、肛周或鼻腔中潜伏。出现自我损伤、可的松治疗或免疫异常都可以导致葡萄球菌感染。在AD症状缓解时，葡萄球菌数量和粘附性都会下降。
马拉色菌性皮炎也是人和犬的常见皮肤病。犬的临床特征是瘙痒，有时还非常严重，常伴随着葡萄球菌感染。马拉色菌性皮炎有广泛的品种易感性，例如：巴赛特、可卡犬和西高地白更。约50%的马拉色菌性皮炎与异位性或其他过敏症（食物或跳蚤）有关，但原发的角化缺陷和内分泌病也是常见并发原因。因此并非所有马拉色菌性皮炎都与异位性有关，也不是所有异位性皮炎一定发展为马拉色菌性皮炎。二者的关系目前了解不足。
丰富的证据已经证明继发感染具有诱导AD发病的重要作用。反之，异位性皮炎发病时的瘙痒症状制造的自我损伤使继发感染更易发生。继发感染与AD的因果关系仍不明朗。免疫微环境极其复杂，目前远远不足解释犬异位性皮炎的发病机制，每个环节都可能同时发生，形成错综复杂的相互影响。
