水碱的形成是因为使用的自来水多数为硬水，其中含大量钙、镁离子，当硬水被加热或蒸发时，水中溶解的钙离子和镁离子与某些酸根离子形成了不溶于水的化合物或混合物，其主要成分是碳酸钙。不能溶解的碳酸钙等物质从水中析出而形成沉淀，这就是人们常说的水碱。有很多小规模养龟者都是使用自来水来饲养龟的，有些地区自来水含钙多，这就很容易使得龟壳表面形成水碱。水碱覆盖在龟壳上，不但是影响了龟的美观，更重要的是阻碍了龟壳的正常生长，影响壳的健康生长，所以要及时清除龟壳上的水碱。清除水碱的物质有很多种，但清除龟壳上的水碱，要选用安全的酸性物质，不会影响到龟的健康。如用可乐、雪碧、食用醋等来清除都可以。
用食用醋清除龟壳上水碱的操作方法：用牙刷沾上适量的食用醋，然后在有水碱的部位，顺时针或逆时针反复刷洗，最后用清水冲净龟体上的污汁。待龟壳干透后检查，如水碱还有，可反复用上述方法刷洗几次，直到水碱完全去除。牙刷用新的（旧牙刷的毛倒了，刷洗效果差），如是小苗，选用较软的牙刷，最好是有毛尖尖的软毛牙刷。
用可乐、雪碧清除龟壳水碱的操作方法同上。较重的水碱，选用食用醋清除，特别严重的水碱，先用手术刀等工具打磨，然后再用上述方法进一步清除。
有的养龟爱好者害怕水碱，提出用纯净水饲养龟，行不行呢？纯净水，就是所谓的纯水了，不含有杂质，也就是说纯净水里缺少动物体所需的矿物质。所以，用纯净水养龟，就等于让龟长期饮用纯水，对龟来说应该是弊大于益。要选用池塘的水、河水或井水要饲养比较好。
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