选择种公牛，主要依据外貌、系谱、旁系和后裔等几个方面的材料进行选择。
1.外貌选择
种公牛的外貌，不表现产乳能力，也很难确切反映产肉能力，主要看其体型结构是否匀称，外形及毛色是否符合品种要求，雄性特征是否突出，有没有明显的外貌缺陷（四肢不够健壮结实、肢势不正，背线不平、颈浅薄、狭胸、垂腹、尖尻等），凡是体型结构、局部外貌有明显缺陷的，或者生殖器官畸形（如单睾、隐睾）的，一律不能做种用。种公牛的外貌等级不得低于一级，种子公牛要求特级。
2.系谱选择
系谱选择是根据系谱中记载的祖先资料，如生产性能、生长发育及其他有关资料，进行分析评定的方法。在审查公牛系谱时，应特别引起重视的是：虽然祖先的代数愈远，对个体的影响愈小，但是不能忽略远祖中的某一成员可能携带隐性有害基因。同时，还要逐代地比较，看其祖先的生产力是否一代胜过一代，注重分析其亲代与祖代。种公牛的父、母必须要求是良种登记牛。若系谱中父系和母系双方出现共同祖先，还应进一步分析其近亲程度。种公牛的系谱必须记录详明，至少三代以上清楚。
凡在系谱中，母亲的生产力大大超过全群的平均数，父亲又经后商鉴定证明是优良的，或者父亲的姐妹是高产的，这样的系谱应予以高度的注意，选这种系谱的牛作种牛，对后代的影响是可靠的。
在进行系谱选择时，还应考虑到与生产性能有关的饲养管理。因此，研究祖先的生产性能时，最好能结合当时饲养管理条件进行分析。
3.旁系选择
在选择后备公牛时，除审查本身外貌和系谱外，可分析其半同胞的泌乳性能（肉用种公牛可分析其同胞或半同胞产肉性能的成绩），借以判断从父母接受遗传性的好坏。旁系亲属与公牛的关系越近，它们的各种表型资料对选择的参考价值越大。
应用半同胞资料选择后备公牛的优点是：对后备公牛可进行早期鉴定，比后裔鉴定至少要缩短4年多。对遗传力中等偏低的性状（如产乳量），比根据母亲的表型值选留更为可靠。
4.后裔测定
种公牛后裔测定，是选择优良种公牛的主要手段和最可靠的方法。被测公牛系谱必须三代清楚，并按系谱指数的大小结合公牛本身的条件进行选择，即其初生重在38kg以上，6月龄体重200kg以上，12月龄体重350kg以上；体质健壮，外貌结构匀称，无明显缺陷；经检验无任何疾病；在16~18月龄采精，精液品质符合国家标准要求。
种子母牛所产的公犊，分两个阶段选择，最后选出1/3参加后裔测定；待后裔测定成绩公布后，再从中选出1/3作为继续使用的良种公牛。
参加后商测定的公牛一般在16~18月龄采精，冷冻1000头份，并集中在3个月内完成随机配种，应至少配孕母牛100头以上，其女儿的分布必须跨越省界并总共不少于10个牛场，分布场数越多越好。被测公牛的全部女儿满15~-18个月龄进行配种，待其分娩产奶后详细记录生产性能和外貌鉴定成绩。被测公牛的女儿在完成第一个泌乳期后，应及时汇总资料并公布后裔测定结果。
种公牛后裔测定有多种方法。最早用母女对比法、同期同龄女儿对比法，现在，许多国家采用复合育种值选择公牛。最佳线性无偏预测值（BLUP）法，被认为是目前估测公牛育种值最好的方法。这是20世纪70年代提出的一种公畜育种值的方法。它的基础是一线性混合模型。其优点是估测精确度高，可用线性函数表示。其计算方法和过程复杂。
肉用种公牛的后裔测定，可采用上述乳牛的同期同龄女儿对比法，根据被测公牛的后代与对照公牛同期同龄后代的生长发育性能、肥育性能或屠宰测定成绩进行比较。
役用公牛后商测定，目前尚无具体规定，也可参照乳牛同期同龄女儿对比法、测定被测公牛与其他公牛后代体尺、体重等平均差值，再用群体该性状的平均数求出该性状的相对育种值，以评价种公牛的优劣。
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