狗是与人类关系最密切的几种动物之一，它与人类之间的合作关系非常古老。加州大学洛杉矶分校的罗伯特-韦恩，通过比较狗、豺和狼的线粒体DNA，确定了狗是狼的后代，并认为狗作为独立物种，可能已经有135000年的历史。
当然，在实际考古中，并没有发现这么早的狗骨（最早的是在德国发现的14000年的沟骨）。而根据对狗的线粒体DNA研究，可以确认狗最早驯化于东亚——最大可能是在中国南方。
甲，2002年瑞典科学家证明狗最早起源于东亚
2002年，瑞典斯德哥尔摩皇家工学院的分子生物学家彼得-萨瓦雷纳（Peter Savolainen）让世界各地的养狗者给他寄狗毛，并最终得到了来自亚洲、欧洲、非洲和北美、北极地区的654只家犬线粒体DNA样本。
线粒体DNA位于小体细胞核之外，为细胞提供能量。与常规DNA不同，它们仅从母亲传给孩子。在连续的世代中，线粒体序列中会形成突变，因此，通过研究各个个体中线粒体DNA的变异性，科学家可以构建出能够说明个体遗传关系的树（称为系统树），并估算出何时他们从一个共同的祖先分支出来；更大的可变性意味着更古老的起源。
在2002年11月发表的一篇论文中，彼得-萨瓦雷纳和他的同事公布了研究结果。他们发现，在东亚的样本中找到的序列差异最大，这意味着狗在当地的驯化时间最长。萨瓦雷纳总结说，这意味着家犬可能最早是在东亚进化的，也许是在15,000年前，之后这种动物扩散到亚洲和欧洲，然后与人类迁徙到新大陆。
乙，2015年美国科学家认为狗起源于蒙古或尼泊尔
之后经过不断研究，大部分研究人员认为，15000年前人类开始驯养的欧亚灰狼，应该是全世界狗的祖先。这发生在欧亚大陆的某个地方，但是要证明这一点是困难的。PNAS上的一篇新论文表明，现代蒙古或尼泊尔周围的地区可能就是狗驯养的起点。
这与先前的研究结果不太相符。目前最早驯养犬的考古证据来自欧洲和西伯利亚。同时，对狗的线粒体DNA（由母亲传给个体）和Y染色体（沿雄性线传播）的遗传研究表明狗的起源在大约1.6万年前的中国南部。
目前尚不清楚为什么存在这种冲突，当然之前的研究也只是推测，狗的驯化本身很复杂，可能很难确定。迁移、杂交和其他过程可能会使数据难以解释，并且我们目前得到的证据仅能证明中国南方存在足够的线粒体变异，但我们无法很好地了解整体情况。
答案是杂种
康奈尔大学的劳拉•香农（Laura M. Shannon）和亚当•博伊科（Adam R. Boyko）领导的一个研究小组，决定寻找一个新的遗传数据来源——乡村犬（田园犬）。这是种自由放养的狗，与人一起在世界各地的定居点生活，没有人为控制它的繁殖。
乡村犬是一个很好的数据来源，其它犬的基因组可能都经过特意的选择，从而创造出短鼻子，蓬松的外衣，更强壮的尾巴等东西，这很容易被我们看中。由于经过这类选择，其它犬的遗传多样性非常有限，只能带我们重新了解一遍有关犬的历史。纯种狗中普遍存在的遗传疾病虽然意味着我们拥有大量的遗传数据，但是该信息的实用性受到限制。
另一方面，乡村犬在遗传上是多样的，因此它们可以提供有关家犬起源和在世界范围内传播的有意义的数据。为了获得这个金矿，康奈尔小组收集了来自38个国家的549只狗以及161个品种的4,676头纯种狗的遗传数据。
他们遵循先前的研究步骤，使用了线粒体DNA和Y染色体，但还使用了整个狗基因组中超过180,000个标记的数据，进一步走了一步。然后，他们将自己的数据与以前收集的数据结合起来，创建了迄今为止最大的犬类多样性数据库。
移民史
不出所料，乡村犬比纯种犬具有更多的遗传多样性。尽管纯种狗看起来彼此非常不同，但实际上，它们在全球范围内的自由漫游犬中只具有很小的整体多样性。
当然，狗具有与人类一样多的移民历史。特别是欧洲犬已经扩散到多个地区，在许多地区都占主导地位。许多地区都有欧洲血统清晰的乡村犬，例如南太平洋、美洲和非洲。
另一方面，在欧亚大陆，来自欧洲犬只的唯一影响，是来自邻近地区的正常杂交可能带来的影响。通常，在狗中发现的遗传模式与人类历史上已知的区域边界匹配。
为了评估狗可能被驯养的位置，研究人员研究了一种称为连锁不平衡（LD）的特征。这是对通常在同一染色体的同一块上一起遗传的基因随时间开始分离的量度。物种起源地的种群通常具有较低的LD，而移徙种群随着与起源种群的距离增加而具有较高的LD。
研究小组在阿富汗和中亚发现了最低的LD，表明在中亚驯化，然后扩散到包括阿富汗，印度和越南在内的附近地区。如果狗在东亚地区取得了特别的成功，这可以解释为什么以前的遗传结果将其确定为起源地区。
这项研究远非关于狗驯化的最终结论。首先，从该团队遗漏的区域中提取乡村犬DNA样本可能会改变结果。还有其他证据可以再次改变情况，例如对古代狗和狼DNA的分析。当然，仍然存在关于驯化的方式和时间的疑问。
丙，中国科学家认为乡村犬33000年前在中国驯化
对于乡村犬在15,000年前在中亚驯化的结论，中国科学家表示了异议。
他们争辩说，遗传证据表明它们很可能最早在中国南部被驯服了。
由云南省昆明市动物研究所张亚平领导的研究小组在对数据进行了重新分析之后，对先前的研究结果提出了质疑，该研究被称为“全球最大的犬类遗传多样性调查”。
该团队的结论本月作为美国顶级研究杂志《美国国家科学院院刊》以及此前由中国科学院出版物《细胞研究》（Cell Research）的一封信发表。
该学院动物学研究所副教授王国栋说：“我们的研究首次揭开了乡村犬在地球上旅行的非凡旅程。”
中国的研究结果与美国康奈尔大学的亚当•博伊科（Adam Boyko）领导的一组科学家在10月得出的结论不同。
康奈尔大学的研究分析了来自165个品种的4,600只纯种狗的185,800多个遗传标记，以及来自38个国家的540多个乡村狗，得出的结论是，最早的狗出现在15,000年前的中亚。
王说：“首先，在先前的研究中对中亚的定义是错误的，因为他们将蒙古和尼泊尔分配给了中亚。其次，尽管其规模很大，但该研究并未包括来自中国南部的狗群数据。而这里一直被认为是家养犬的重要产地。”
王还对生活在中国农村的中华田园犬的基因组进行了测序，并将其与康奈尔大学研究的数据进行了比较，发现中华田园犬的存在时间更早。
该团队还对12头灰狼（现代犬的祖先）的基因组进行了排序，发现它们的基因组来自亚洲和非洲的27头原始犬，以及来自世界各地的19个不同品种。
科学家说，中华田园犬的遗传多样性比其他种群要多得多，并且在基因上是最接近灰狼的，这表明犬是在约33,000年前在东亚南部驯化的。
该研究所专门研究人类和动物遗传学的副教授彭敏生说，狗的起源是人类学研究的重要指标。
“自从狗和人类成为朋友以来，狗已经作为人类在农业文明中的看门狗或作为游牧民族的放牧者与人一起迁移。因此，狗的迁移路径可以反映出古代人类的迁移路径，并为我们提供了没有书面记载的部落的证据记录，”彭说。
尽管目前对狗最早在哪里驯化，尚未得出最后的结论，但其来自东亚是不错的（蒙古和尼泊尔都属于东亚）。而这也给我们提出的世界各大古文明源于东亚的猜想提供了又一个证据。
