太空育种的部分目的是为了增产，所以确实会有很多太空蔬菜长得大，但也有一些甚至连果子都不结了。太空育种利用了基因的随机突变，并不能保证长出来的果子都变大。
太空育种利用了生物演化的原理生物演化基于基因，而基因会突变，主要是基因链也会在生物化学或者物理因素作用下断裂重构，或者发生碱基的替换，结果使得基因的功能发生变化，反映在生物上就可能是外部性状的变化。而体型增大只是一个方面，正如地球生物起源于共同始祖，但是物种却十分多样一样。生物演化基于基因的随机突变，其演化结果也就是随机的。
相较于地面环境，太空中由于缺乏大气、磁场更弱、重力也更弱，因此来自太阳的辐射、带电粒子更密集，携带着更高的能量，冲击生物组织的时候就可能使生物的基因突变，获得了新的基因材料。而这个过程毫无疑问也是随机的，并不能保证种子到太空一圈下来就增产。
变异只是第一步将经过太空环境的种子种下去，挑选出有利于人类的性状，果子变大或者口味变得更好都在选择范围内，在以往的太空育种过程中，的确有不少植物的果实长得更大，但也有连种子也不结了，或者果实的口味发生了极大的变化，甜的变酸、酸的变淡，有的生长周期变长，有的生长周期变短，总的来说突变是很多方面的，并不集中在体型的变化；
并且由于种子新产生的变异相较于整个同类植物种群频率很低，需要经过多代繁育，使人类需要的性状被分离且稳定下来，有的还需要用到杂交等方面技术，具体看育种的目的。
涉及的生物学原理到了这一步利用的生物学原理是孟德尔遗传规律。生物自有的基因和部分变异基因会在生殖过程中遗传给后代，在孟德尔时代孟德尔采取了巧妙的方法描述了生物的遗传。他发现豌豆在某些方面的性状有不同，性状分离明显，不同的基因型配对会导致自代性状的不同。孟德尔采用归纳总结的方式获得了豌豆的遗传规律，在后续的实验中可以完美地利用归纳获得的遗传规律预测子代的性状比例，证实了遗传规律的正确。
孟德尔还提出了一个重要的概念：遗传因子。孟德尔的时代还不能深入观测生物的染色体，但是他通过较大样本的统计得出的遗传规律却放之四海而皆准，此后基于孟德尔的研究，科学家们又发现了伴性遗传等遗传规律，进一步地丰富了遗传学。而他所提出的“遗传因子”的概念现在被命名为基因。
航天育种过程航天育种也是一样，有了变异就要采取一定的措施将那些有利于人类的性状固定下来，采用的方式就是自交、回交、杂交等方式，获得性状稳定的农作物品种，然后经过试验栽培验证安全性和稳定性，最后就是扩大种植留种，用于更广泛的种植。
前文提到，太空育种的部分目的也是为了增产，那么媒体自然会宣传体型巨大的太空农作物，像太空南瓜单株植株上结的南瓜最多可以长到一两百斤，这会给人留下深刻的印象，其它的培育出的口感更好营养更高的作物，由于太空农作物种植不广泛，绝大多数人都没尝试过，自然不能留下深刻的印象。
